Crédit d’impôt innovation : une perte du statut de PME différée

Pour bénéficier du crédit d’impôt innovation, une entreprise doit répondre à la définition européenne de la PME. Cette qualité s’apprécie notamment au regard de l’effectif, du chiffre d’affaires et du total du bilan.

Lorsque l’entreprise appartient à un groupe, ces critères doivent toutefois être appréciés en tenant compte des données des entreprises qui lui sont liées.

C’est précisément ce dernier point qui a opposé une société à l’administration fiscale dans une affaire récente.

Dans cette affaire, une société estime remplir les conditions pour bénéficier du crédit d’impôt innovation au titre de l’année 2020 et en demande le remboursement.

Ce que lui refuse l’administration fiscale qui constate qu’à la suite de l’intégration de la société dans un groupe en 2019, les seuils européens applicables aux PME, appréciés au niveau de l’ensemble des entreprises liées au sein du groupe, étaient dépassés.

Restait alors à déterminer à partir de quelle date cette perte du statut de PME produisait ses effets.

Le juge rappelle que le dépassement des seuils n’entraîne pas, à lui seul, la perte immédiate de la qualité de PME. Celle-ci n’intervient qu’à compter de la 2e année qui suit le dépassement des seuils.

Or, ici, les seuils ayant été franchis une 1re fois en 2019, puis une 2e fois en 2020. La société ne remplissait plus les conditions requises pour bénéficier du crédit d’impôt innovation au titre de l’année 2020.

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Notes de restaurant et facturation électronique : les règles actuelles ne changent pas…

La réforme de la facturation électronique ne modifie pas les conditions de déduction des frais de restauration, ni les règles de récupération de la TVA.

Ainsi, lorsqu’un collaborateur règle un repas, le ticket de caisse demeure admis comme justificatif de note de frais.

S’agissant de la TVA, les règles existantes continuent de s’appliquer : pour les notes de restaurant d’un montant inférieur ou égal à 150 € HT, un ticket comportant les mentions requises reste admis, sous réserve notamment que l’entreprise y fasse figurer son identification. Au-delà de ce seuil, une facture complète est obligatoire.

… mais trois situations sont désormais distinguées

La nouveauté tient à la manière dont ces opérations s’articulent avec la facturation électronique.

Premier cas : le collaborateur ne précise pas qu’il agit pour le compte de son entreprise ; il ne demande pas de facture libellée au nom de l’entreprise. Il est alors traité par le restaurateur comme un particulier.

Le collaborateur paie le repas et le restaurateur lui remet un ticket de caisse que le collaborateur joindra à sa note de frais pour être remboursé par son entreprise. Cette opération, qui ne relève pas de l’obligation de facturation électronique, reste soumise aux obligations de transmission à l’administration des données de transaction et des données de paiement.

Le restaurateur transmet donc uniquement les données de transaction et de paiement à l’administration dans le cadre de l’e-reporting.

Si l’entreprise souhaite ensuite récupérer la TVA, elle pourra demander au restaurateur l’émission d’une facture électronique a posteriori.

Le collaborateur pourra demander le remboursement du repas à l’entreprise en fournissant le justificatif délivré par le restaurant. L’entreprise de son côté pourra déduire ces frais de repas en comptabilité, mais il existe un risque de non-déductibilité et de non-récupération de la TVA correspondante.

En effet, parce que l’émission d’une facture est obligatoire entre 2 professionnels assujettis à la TVA, le ticket de caisse remis au collaborateur est insuffisant pour permettre la déductibilité de la TVA.

Toutefois, en matière de restauration, une tolérance est admise concernant la déductibilité de la TVA pour les notes de faible montant jusqu’à 150 € HT.

Deuxième cas : le collaborateur demande immédiatement une facture au nom de son entreprise.

Il s’agit alors d’une opération entre deux assujettis à la TVA. Le restaurateur doit émettre une facture électronique adressée à l’entreprise via sa plateforme agréée.

Pour cela, le collaborateur renseigne au restaurateur l’adresse de facturation électronique de l’entreprise ou ses numéros SIREN et SIRET, le cas échéant.

Si le collaborateur a avancé les frais, l’entreprise devra simplement veiller à éviter une double comptabilisation de la facture électronique et de la note de frais.

Troisième cas : le collaborateur demande une facture au nom de l’entreprise seulement après avoir réglé son repas et le restaurateur a traité le paiement comme dans le premier cas évoqué ci-dessus.

Le restaurateur pourra établir une facture électronique a posteriori. Celle-ci devra toutefois comporter la mention « TVA déjà collectée », afin d’éviter que la TVA et la base taxable ne soient prises en compte 2 fois par l’administration.

En pratique, il est rappelé qu’avec la facturation électronique, les entreprises auront intérêt à sensibiliser leurs collaborateurs.

Lorsqu’une facture électronique est nécessaire, il sera préférable que celle-ci soit demandée dès le paiement afin d’éviter des régularisations ultérieures et les risques de double traitement comptable.

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Facturation électronique : comment changer de plateforme agréée ?

Changer de plateforme agréée (PA), c’est possible ! Cette situation vient tout juste d’être encadrée via la création d’une procédure destinée à sécuriser les changements de plateforme.

Concrètement, le changement ne pourra pas intervenir sans l’accord formel de l’entreprise concernée. Cet accord devra notamment identifier la nouvelle PA, celle qu’elle remplace, les adresses électroniques concernées, ainsi que la date à laquelle le changement devra prendre effet.

Cet accord est signé et daté par l’entreprise ou son mandataire et sera conservé par la nouvelle plateforme agréée jusqu’à 3 ans après la date à laquelle il cesse de produire ses effets.

Le contenu complet de cet accord est disponible ici.

Une fois cet accord obtenu, c’est la nouvelle PA qui sera chargée des formalités de modification dans l’annuaire central.

Dans un délai de 2 jours ouvrables à compter de la réception de l’accord, elle communique le numéro de l’accord à l’ancienne plateforme qui dispose alors de 5 jours ouvrables pour s’opposer au changement de PA si elle estime que la demande ne traduit pas réellement la volonté de l’entreprise (par exemple si elle dispose d’un accord plus récent). En cas de désaccord, l’administration fiscale pourra être saisie afin de trancher le litige.

Dans les 15 jours ouvrables à compter de l’accord tacite ou exprès de l’ancienne plateforme, la nouvelle PA inscrit les informations nécessaires à l’adressage des factures de l’entreprise concernée dans l’annuaire central.

Enfin, afin d’éviter toute rupture de service, il est prévu que certaines prestations devront continuer d’être assurées pendant un an après le changement de plateforme. L’ancienne plateforme devra également communiquer, sur demande de son client, les informations nécessaires pour garantir la continuité de son activité.

Ces nouvelles règles sécurisent un sujet qui n’était jusqu’ici pas véritablement organisé. Elles devraient faciliter la concurrence entre plateformes tout en limitant les risques de blocage lors d’un changement de prestataire.

Changer de plateforme agréée : le mode d’emploi est désormais fixé – © Copyright WebLex

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Plateforme agréée : des audits de surveillance pour garantir une conformité durable

Les plateformes agréées devront désormais démontrer, tout au long de leur activité, qu’elles continuent de satisfaire aux conditions ayant permis leur immatriculation par l’administration fiscale.

Après un 1er audit de conformité réalisé lors de leur immatriculation, elles devront se soumettre à un 1er audit de surveillance au cours de la 2e année suivant cette immatriculation.

Contrairement à l’audit initial, cet audit de surveillance portera uniquement sur les modifications substantielles intervenues depuis le précédent contrôle et devra s’appuyer sur au moins 1 mois d’activité de la plateforme.

Ces audits de surveillance ne s’arrêteront pas là. À chaque renouvellement de l’immatriculation, 2 nouveaux audits devront être réalisés : un premier au cours de la 1er année, puis un second au cours de la 2e année suivant ce renouvellement.

Les plateformes devront également informer l’administration fiscale de toute modification substantielle des éléments ayant permis leur immatriculation.

Si un audit de surveillance met en évidence des non-conformités, elles devront présenter les mesures correctrices envisagées, qui devront être mises en œuvre dans un délai maximal de 3 mois.

Pour les entreprises, l’enjeu est de pouvoir s’appuyer, dans la durée, sur des plateformes qui continuent de répondre aux exigences de sécurité, de fiabilité et d’interopérabilité attendues pour assurer la transmission des factures électroniques.

Facturation électronique : les plateformes agréées sous haute surveillance – © Copyright WebLex

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L’annuaire central au cœur des échanges des factures électroniques

Pour assurer la circulation des factures électroniques entre les différentes plateformes agréées, un annuaire central est mis en place. Son rôle sera d’identifier, pour chaque entreprise, la plateforme chargée de recevoir ses factures.

Chaque plateforme devra ainsi alimenter et mettre à jour les informations concernant ses clients dans cet annuaire.

Toute modification, comme un changement de plateforme ou d’adresse de réception, devra être répercutée afin de garantir le bon acheminement des factures.

Lorsqu’une entreprise décidera de changer de plateforme agréée, les informations figurant dans l’annuaire devront également être mises à jour. Cette synchronisation permettra d’éviter que des factures soient adressées à une plateforme qui n’est plus chargée de les recevoir.

Pour les entreprises, l’enjeu est avant tout pratique : elles n’auront pas à rechercher la plateforme utilisée par chacun de leurs partenaires commerciaux. L’annuaire permettra d’automatiser le routage des factures et de sécuriser leur transmission, y compris en cas de changement de plateforme.

Facturation électronique : comment les factures trouvent-elles leur destinataire ? – © Copyright WebLex

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Facture en double : identifier le doublon avant tout traitement

Recevoir plusieurs exemplaires d’une même facture ne signifie pas qu’il faut tous les traiter.

L’administration rappelle qu’une même facture ne doit donner lieu ni à un double paiement, ni à une double comptabilisation, ni à une double déduction de TVA.

La 1re étape consiste donc à vérifier s’il s’agit bien d’une seule et même facture transmise par plusieurs canaux.

Pour cela, il est recommandé de comparer les principales informations figurant sur les documents reçus : numéro de facture, identité du fournisseur et du client, date, montant HT, montant de TVA et montant TTC. Lorsque ces éléments concordent, il s’agit normalement d’un simple doublon.

Ne conserver qu’une seule facture de référence

Une fois le rapprochement effectué, l’entreprise a intérêt à désigner un seul exemplaire comme facture de référence et à poursuivre le circuit habituel de validation, de comptabilisation et de paiement sur cette seule base.

Les autres exemplaires pourront être identifiés comme des copies, des doublons ou des duplicatas afin d’éviter tout traitement multiple.

Lorsque ce double envoi résulte d’une régularisation ou d’un incident intervenu au démarrage de la réforme de la facturation électronique, il est conseillé de conserver une trace des vérifications effectuées. Cette traçabilité permettra de démontrer qu’une seule facture a été comptabilisée, réglée et, le cas échéant, prise en compte pour la déduction de la TVA.

En revanche, si un doute subsiste sur le fait qu’il s’agisse réellement de la même facture, l’entreprise devra se rapprocher de son fournisseur ou de sa plateforme agréée afin de clarifier la situation, sans pour autant bloquer l’ensemble de son processus de traitement.

Facturation électronique : quel sort pour les factures reçues plusieurs fois ? – © Copyright WebLex

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Transfert d’un contrat de VEFA : pas d’interruption du bénéfice du taux réduit de TVA, sous conditions

Dans le cadre d’une opération de logement intermédiaire, les livraisons de logements neufs peuvent, sous conditions, bénéficier du taux réduit de TVA de 10 %.

Mais qu’en est-il lorsque l’acquéreur cède son contrat de VEFA avant l’achèvement de l’immeuble ?

L’administration confirme que ce transfert n’a pas pour effet de remettre en cause le taux réduit déjà appliqué sur les appels de fonds réglés au promoteur, à condition que le nouvel acheteur continue lui-même à remplir les conditions requises pour bénéficier de ce dispositif.

Il est également précisé que le vendeur peut déduire, dans les conditions de droit commun, la TVA à 10 % acquittée sur les appels de fonds déjà versés au promoteur. En effet, cette taxe constitue la TVA ayant grevé une opération imposable réalisée lors de la cession du contrat de VEFA.

Enfin, l’administration confirme que le promoteur peut poursuivre l’application du taux réduit de TVA de 10 % sur les appels de fonds restant à émettre après la cession du contrat.

Là encore, cette possibilité est subordonnée au respect, par le nouvel acquéreur, de l’ensemble des conditions ouvrant droit au dispositif applicable au logement intermédiaire.

En résumé, la cession d’un contrat de VEFA n’entraîne pas automatiquement la perte du bénéfice du taux réduit de TVA applicable au logement intermédiaire.

Si le nouvel acheteur remplit toujours les conditions du dispositif, le taux réduit est maintenu pour les échéances déjà réglées comme pour celles restant à payer, et le vendeur conserve son droit à déduction de la TVA supportée.

Logement intermédiaire, TVA et VEFA : des précisions utiles – © Copyright WebLex

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ZRR : des exonérations qui continuent… sous conditions

La disparition des ZRR au 1er juillet 2024 n’a pas remis en cause les avantages accordés aux entreprises qui s’y étaient installées ou qui y avaient repris une activité avant cette date.

Ces entreprises peuvent donc continuer à bénéficier, selon leur situation, de l’exonération d’impôt sur les bénéfices dont elles disposent, ainsi que, le cas échéant, des exonérations de fiscalité locale qui leur ont été accordées, jusqu’au terme prévu.

Une activité partiellement exercée hors zone désormais admise

Jusqu’à présent, les entreprises exerçant une activité sédentaire devaient, en principe, exercer l’ensemble de leur activité en ZRR pour conserver le bénéfice de leur exonération d’impôt sur les bénéfices.

Désormais, elles pourront réaliser jusqu’à 25 % de leur chiffre d’affaires en dehors d’une ZRR ou d’une ZFRR sans perdre entièrement cet avantage.

Dans cette hypothèse, seule la fraction des bénéfices correspondant au chiffre d’affaires réalisé hors de ces zones sera imposée dans les conditions de droit commun, le reste continuant de bénéficier de l’exonération.

Cette mesure d’assouplissement s’applique à l’impôt sur le revenu dû à compter de l’année 2026 et à l’impôt sur les sociétés dû au titre des exercices clos à compter du 21 février 2026.

ZRR : un peu plus de souplesse pour les entreprises encore exonérées – © Copyright WebLex

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Pas encore de plateforme agréée : une situation à régulariser rapidement

À partir du 1er septembre 2026, toutes les entreprises concernées par la réforme de la facturation électronique devront être en mesure de recevoir leurs factures électroniques par l’intermédiaire d’une plateforme agréée.

Concrètement, si une entreprise n’a pas encore désigné sa plateforme de réception, elle doit engager cette démarche sans attendre, directement auprès d’une plateforme agréée ou via son prestataire habituel (éditeur de logiciel, expert-comptable, banque, etc.).

Pour autant, l’administration se veut pragmatique.

L’absence temporaire de plateforme ne doit pas conduire une entreprise à interrompre son activité, à refuser les factures qu’elle reçoit ou à suspendre le paiement de ses fournisseurs.

Autrement dit, les factures reçues par les canaux habituels (PDF, mail, papier, etc.) continueront d’être traitées normalement lorsqu’elles correspondent à une opération réelle.

En revanche, cette situation devra rester provisoire : l’entreprise est invitée à régulariser rapidement son raccordement au dispositif. L’administration insiste enfin sur un point : en cas de difficulté au démarrage, l’entreprise devra être en mesure de prouver qu’elle s’est engagée dans une véritable démarche de mise en conformité. En pratique, il est recommandé de :

• choisir sa solution de réception ;
• vérifier qu’elle permet bien le recours à une plateforme agréée ;
• engager les démarches de raccordement avec son prestataire ;
• conserver les échanges démontrant que ces démarches sont effectivement en cours.

Pendant cette phase de lancement, l’administration indique qu’elle privilégiera une approche pédagogique.

Les entreprises rencontrant de réelles difficultés techniques, mais engagées dans une trajectoire sérieuse de mise en conformité, ne devraient pas être sanctionnées.

En revanche, cette tolérance ne s’appliquera pas aux situations traduisant une absence durable de démarche ou un refus d’entrer dans le dispositif.

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Une facture reçue hors plateforme agréée reste traitable

À compter du 1er septembre 2026, le fait qu’une facture soit reçue par mail, en PDF ou sur papier ne signifiera pas qu’elle soit automatiquement irrégulière.

L’administration rappelle que la réforme de la facturation électronique modifie uniquement les modalités de transmission des factures. Elle ne remet pas en cause les règles applicables à l’opération elle-même, au paiement, à la comptabilisation de la facture ou encore au droit à déduction de la TVA.

En pratique, une facture reçue par un canal habituel pourra donc être traitée si elle correspond à une opération réelle et comporte les mentions nécessaires.

Le destinataire doit continuer à vérifier la facture selon les règles habituelles : réalité de l’opération, identité des parties, mentions obligatoires, montant facturé, TVA applicable et conditions de paiement.

Ainsi, le seul fait que la facture n’ait pas transité par une plateforme agréée ne remettra pas, à lui seul, en cause le droit à déduction de la TVA.

Lorsque le fournisseur est soumis à l’obligation d’émettre une facture électronique, le destinataire pourra lui demander de transmettre, ou de régulariser, cette même facture par le circuit électronique prévu par la réforme.

Cette démarche n’est toutefois pas obligatoire. Elle ne conditionne ni la validité de la facture, ni son traitement comptable, ni son paiement, ni le droit à déduction de la TVA.

Son objectif est avant tout de permettre le respect de l’obligation de transmission électronique et d’assurer la remontée des données attendues par l’administration fiscale.

En pratique, cette demande de régularisation doit rester simple et ne pas servir à retarder un paiement ou à bloquer la relation commerciale.

Enfin, la régularisation devra être organisée avec vigilance afin d’éviter tout doublon de comptabilisation, tout doublon de paiement ou tout doublon de déduction de TVA. Le fournisseur et son client auront donc intérêt à identifier précisément la facture concernée (numéro, date, montant, parties concernées et canal de transmission initial).

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